1º - Saber quem é o proprietário do imóvel: É na matrícula que encontramos quem de fato é o dono do bem. Então, se quem se apresenta como proprietário para você não for a mesma pessoa que consta na matrícula, fique atento!
2º - Descobrir se a construção está averbada: Se você está negociando uma casa, por exemplo, o que deve constar na matrícula é uma casa. Caso conste algo diferente disso, deverá ser feita uma regularização, logo, as partes terão que definir quem vai arcar com os custos disso.
3º - Verificação da presença de ônus no imóvel: se o imóvel tiver alguma hipoteca, ou seja, se foi dado em garantia devido a alguma dívida, você poderá verificar isso ao pedir a matrícula atualizada.
Mas lembre-se, em caso de dúvidas ao analisar a matrícula, o melhor é consultar uma assessoria jurídica especializada!